Kurt Gerstein ist Chemiker und für Desinfektion zuständig. Eines Tages wird der SS-Offizier und Familienvater mit der Anlieferung von großen Mengen Zyklon B beauftragt, das er normalerweise zur Schädlingsbekämpfung einsetzt. Aufgrund seiner Nachfragen wird er in den engen Vertrauenskreis eines ranghohen SS-Arztes aufgenommen. Man zeigt ihm das Vorgehen in einem deutschen Lager im besetzten Polen, das Gerstein tief schockiert. Weder seine Familie noch Freunde oder Kollegen, die Gerstein nun ins Vertrauen zieht, wollen ihm helfen, die Vernichtung der Juden öffentlich zu machen. Gerstein entschließt sich, seine Stellung zu behalten, um die Existenz der Vernichtungslager belegen zu können. Während er versucht, Deportation und Vernichtung durch Informationsverbreitung zu verlangsamen, gelingt es ihm nicht, seine Umgebung aufzurütteln. Schließlich entscheidet sich Gerstein, den Vatikan zu informieren. Doch auch hier scheitern seine Bemühungen. Nur der junge Jesuit Riccardo versteht, von welchem Verbrechen Gerstein berichtet, und bemüht sich, während Gerstein wieder in Deutschland ist, weiter um eine Audienz beim Papst. Als schließlich auch Konvertiten von den deutschen Besatzern in Rom verhaftet werden, lässt sich Riccardo mit einem gelben Stern als vermeintlicher Jude nach Polen deportieren. Er wird enttarnt und der Arbeit im Krematorium zugewiesen. Als das Kriegsende bevorsteht, will Gerstein seinen Bericht schreiben, begreift aber schließlich, dass man ihn als Lügner und Täter zur Verantwortung ziehen wird …

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