Cobra ist zwar geschwächt, aber noch lange nicht besiegt: Es gelingt ihr, den U.S.-Präsidenten zu entführen und durch einen Doppelgänger von Cobra zu ersetzen. Als Präsident getarnt beschuldigt Zartan die Sondereinheit G.I. Joe, Nuklearwaffen gestohlen zu haben und lässt durch einen militärischen Großangriff fast alle Mitglieder der Elitegruppe töten. Bei diesem Attentat kommt auch Kommandant Duke ums Leben. Es gelingt Zlatan außerdem, den Commander von Cobra aus seiner Haft zu befreien. Die verbliebenden Joes Roadblock, Lady Jaye und Flint suchen Zuflucht bei dem originalen Joe, General Joseph Colton. Er entscheidet sich, aus dem Ruhestand zurückzukehren und an der Seite der Joes zu kämpfen, um Cobras Weltherrschaft zu verhindern. Doch wird ihnen das gelingen?

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